La desaparición de Fernanda Aguirre ocurrió el 25 de julio de 2004, en San Benito, que luego se vio convulsionada por el hecho. El secuestro se cometió alrededor de las 16 de ese día, mientras la adolescente iba a entregar unas flores a una clienta de su madre que por ese entonces tenía un puesto frente al cementerio de la pequeña localidad ubicada a pocos kilómetros de la capital entrerriana. A esa hora, Argentina y Brasil disputaban la final de la Copa América en Perú. Más tarde, los captores llamaron a su familia para pedir 2.000 pesos de rescate.
El principal sospechoso del hecho fue Miguel Ángel Lencina, un hombre que al momento del hecho gozaba de una salida laboral de la cárcel de Concepción del Uruguay, donde purgaba una pena por el asesinato de una mujer.
Lencina fue detenido y pocos días después, el 6 de agosto de ese año, apareció ahorcado en la celda de la Comisaría 5ta. de Paraná, donde permanecía alojado.
La viuda del principal sospechoso, Mirta Chávez, fue condenada en 2007 a 17 años de cárcel, acusada de haber sido quien se comunicó telefónicamente con la familia Aguirre para pedir el rescate. Cháves recuperó la libertad condicional el 21 de abril de 2016 y fijó domicilio en la ciudad de Gualeguay.
A pesar de esta condena, durante la investigación policial y el juicio no se pudo determinar cuál fue el destino de la adolescente.
María Inés Cabrol, madre de Fernanda, murió el 11 de mayo de 2010 en una clínica de Buenos Aires a causa de una enfermedad terminal. Tenía 45 años. Fue quien movió cielo y tierra para poder saber qué pasó con su hija, pero esa lucha la llevó a la tumba con la angustia de no haber visto más a Fernanda.